Bir kriz ortaya çıktığında, hepimiz sahip olduklarımızı kullanırız. Mevcut duruma yanıt olarak, NVIDIA araştırmacılarla yeni koronavirüsü anlamak ve bir yanıtı bilgilendirmek için yarışlarını hızlandırabilen araçlar paylaşmaktadır.
Bugünden başlayarak NVIDIA, koronavirüsle savaşma dünya çapında herhangi bir araştırmacıya Parabricks’e 90 günlük ücretsiz bir lisans sağlayacaktır . İyi bilinen Genom Analizi Araç Kiti’ne dayanan Parabricks, dizi verilerinin analizini 50 kat kadar hızlandırmak için GPU’ları kullanır.
Bu salgının gelişmekte olduğunu biliyoruz, bu yüzden durumu izleyeceğiz ve teklifi gerektiği gibi uzatacağız.
NVIDIA GPU’lara erişiminiz varsa, Parabricks lisansı istemek için bize ulaşın.
Oxford Nanopore uzun okuma verileriyle çalışan araştırmacılar için GitHub’da GPU hızlandırmalı araçların bir deposu mevcuttur. Buna ek olarak, aşağıdaki uygulamalarda yerleşik NVIDIA GPU hızlandırma vardır:
Medaka , Racon , Raven , Reticulatus , Unicycler
Araştırmacılar, diğer şeylerin yanı sıra, hastalığın yayılmasını ve en çok etkilenenleri anlamak için hem yeni koronavirüsü hem de COVID-19’dan etkilenen insanların genomlarını sıralıyorlar. Ancak genomik dizileri analiz etmek zaman alır.
Bilimi hızlandırmak uzun zamandır NVIDIA’nın temel misyonunun bir parçası haline geldi. Parabricks ekibi NVIDIA’ya bu çalışma için en yeni aracı sağladı. Tüm bir insan genomuna varyant çağırma süresini tek bir sunucuda bir saatten azına indirebilir.
Pandemiğin eşi benzeri görülmemiş bir şekilde yayılması göz önüne alındığında, saatler veya günler içinde sonuç almak virüsün evrimini ve aşıların gelişimini olağanüstü bir şekilde etkileyebilir.
NVIDIA, araştırma topluluğumuza yardımcı olmak için bu acil çabayı eşleştirmede ortak ailemizi bize katılmaya davet ediyor. Bilgi işlem kaynakları sağlamak ve platformlarında Parabricks’e erişim sağlamak için bulut servis sağlayıcıları ve süper bilgi işlem merkezleri ile görüşüyoruz.
Bu blogu, NVIDIA GPU’lara ve bu yazılımlar kullanıma sunuldukça bu yazılıma bulut tabanlı erişim sağlayabilen diğer kullanıcılarla bağlantılarla güncelleyeceğiz.
NVIDIA Parabricks’i Neden Kullanırız?
Parabricks, yeni nesil dizileme (NGS) DNA verilerinin ikincil analizini yapmak için bir yazılım paketidir. Parabricks’in en büyük yararı, çarpıcı yüksek hızlarda ve düşük maliyetle sonuç verecek şekilde tasarlanmasıdır. Parabricks, 30x WGS verileri için yaklaşık 30 saat ile karşılaştırıldığında, tüm insan genomlarını yaklaşık 45 dakika içinde analiz edebilir. En iyi bölüm, çıktı sonuçlarının yaygın olarak kullanılan yazılımla tam olarak eşleşmesidir. Bu nedenle, çıkışı doğrulamak oldukça basittir.
Başlık altında, bu performansı, geleneksel CPU tabanlı çözümlerden çok daha verimli veri paralel hesaplaması gerçekleştiren GPU’larla sıkı entegrasyon yoluyla elde eder. Parabricks, ikincil analizde kullanılan yaygın genomik algoritmalarının en hızlı ve en verimli şekilde uygulanmasını geliştirmek isteyen GPU hesaplama ve Derin Öğrenme uzmanları tarafından sıfırdan inşa edildi.